司法实践中，由于“两高”对同一法律规定理解的不一致或对法律未明确规定的法律适用问题认识不同，出现了司法解释不一致甚至相冲突的情况，对各级检察、审判机关的司法活动产生了不利影响，妨碍了法制的统一和正确实施。主要表现为：

    一、审判解释侵蚀检察解释领域。表现得特别明显的是法院在民事行政检察领域所颁布的一系列司法解释严重侵蚀了检察解释权的行使。最高法院近年来出台的许多司法解释，对检察机关的民事检察监督进行限制、排斥、否定。譬如，1995年10月6日最高法院在给四川省高级法院的批复中指出：对检察院抗诉的，法院指令下级法院再审后，维持原判的案件，原抗诉检察院无权再抗诉，只有原抗诉检察院的上级检察院才有权提出抗诉。据统计，最高法院曾针对抗诉范围作出了11项司法解释予以限制。审判解释侵蚀、凌驾于检察解释之上，是违背宪法原则的，属无权解释。

    二、联合司法解释少。事实上单纯适用检察工作或审判工作的法律规定并不多，大多数刑事法律既涉及检察工作，也涉及审判工作，因此需要“两高”共同制定司法解释，以统一司法尺度。但司法实践中“两高”共同司法解释的比例是非常小的，如1995年“两高”制定颁布的刑事司法解释有15件，但联合制定颁布的只有1件（即《关于办理利用信用卡诈骗犯罪案件具体适用法律若干问题的解释》），其他都是高检或高法单独制定的，这种现状明显不利于执法上的统一。譬如，1997年刑法修订后，高检、高法各自制定了关于罪名的司法解释，但两家不仅确定的罪名名称存有不同，而且罪名数量也不同，司法实践中的无所适从可想而知。

    三、检察解释与审判解释冲突解决机制不顺畅。尽管全国人大常委会《关于加强法律解释工作的决议》明确规定：“最高人民法院和最高人民检察院的解释如果有原则性分歧，报请全国人大常委会解释或决定。”但事实上两家鲜有提请全国人大常委会解释或决定的情况出现，也从未出现一例司法解释被全国人大常委会否决的情况。全国人大常委会只是通过有限的几个立法解释对“两高”存在分歧的司法问题进行解释规定。

    四、民事行政司法领域检察解释空白。检察机关依法享有民事行政检察监督权，自然有权对民事行政法律适用进行司法解释，但纵观检察解释历史，除了在民事行政抗诉监督中检察机关作出过《关于执行行政诉讼法第六十四条的暂行规定》、《关于民事审判监督程序抗诉工作暂行规定》、《人民检察院民事行政抗诉案件办案规则》等几个程序性的解释外，从未对民事行政实体法律适用或诉讼程序单独或与法院共同作出过司法解释。可以说民事行政实体、程序法律适用领域法院是处于司法解释垄断的地位，检察解释根本无法插足。这种由法院一家独步民事行政司法解释领域的局面，势必影响检察机关民事行政检察监督职能的有效行使。

    五、司法解释事实上的效力不平等。从理论上讲，检察司法解释与审判司法解释在法律效力上应该是平等的，不存在谁效力大谁效力小的问题，但在司法实践中审判司法解释效力高于检察司法解释效力是不争的事实。司法实践中以法律为准绳被演绎成以法院为准绳，当遇到法律适用不明的案件时，检察人员首先看各自有没有司法解释，再看两家司法解释是否一致，在不一致时会毫不犹豫地选择适用法院司法解释。而即使选择适用检察司法解释也不会得到法院审判人员的认可，因而检察人员谁也不愿冒这个风险。如全国人大常委会制定的《关于惩治违反公司法犯罪的决定》颁布施行后，最高检察院和最高法院分别制定了司法解释，对国有公司、企业中国家工作人员范围的界定就不一致：高检解释是指国有公司、企业中的管理人员，而高法解释是指在国有公司、企业中行使行政管理职能，并具有国家工作人员身份的人员，即指具有组织人事部门认可的国家干部身份，范围较窄。高法解释的唯身份论一度造成司法实践中检、法两院对主体问题的认识冲突，导致检察机关起诉到法院的案件在性质认定上产生分歧，并致部分案件因犯罪数额达不到侵占罪或公司企业人员受贿罪或挪用公司资金罪的数额标准成了无罪案件，这一情况直到刑法修订施行后才得到统一，唯身份论主张才得到废止。